一、免税
1.科研免税。农业科研机构和农业院校进行科学试验所取得的农业特产品收入，在试验期间免征农业特产税。(国务院令143号第6条)
2.垦荒免税。对在新开发的荒山、荒地、滩涂、水面上生产农业特产品的，自有收入年度起，1～3年内免征农业特产税。(国务院令143号第6条)
3.贫困农户免税。对“老、少、边、贫”地区及其他地区中温饱问题尚未解决的贫困农户，纳税确有困难的，免征农业特产税。(国务院令143号第6条)
4.灾害减免。对因自然灾害造成农业特产品歉收的，酌情减免农业特产税。(国务院令143号第6条)
5.森工小径材、薪材免税。对东北、内蒙古国有森工企业生产的小径材（长度小于2米，径级小于8厘米），免征农业特产税；对生产销售薪材、次加工材发生亏损的，经省级主管机关批准，免征农业特产税。(财税字［1998］38号、财税［2001］200号）
6.远洋渔业产品免税。从2001年1月1日起，远洋渔业企业在公海和海外捕获并运回国内销售的自捕鱼和自捕鱿鱼取得的收入，免征农业特产税。(财税字［1997］72号、财税［2001］66号）
7.猪皮免税。从1999年1月1日起，单位和个人收购猪皮，暂停征收农业特产税。(财税字［1998］117号）
8.三峡移民垦荒免税。对三峡库区农村移民在新开发的荒地、荒山、滩地、水面上生产农业特产品，所取得的农业特产收入，从有收入的年度起，免征农业特产税3～5年。对三峡库区外迁农村移民所取得的非开荒农业特产收入，由各省级政府给予一定的减免税照顾，但最长不得超过3年。(国税函［1999］830号）
9.西藏产品免税。西藏自治区农业特产品不征收农业特产税。各地对西藏外运的农业特产品，凭开具的“西藏农业特产品税务准运证”，不再补征农业特产税。(国税函［1996］722号）
10.次小薪材减免税。对森林抚育、低产林改造及更新采伐过程中生产的次加工材、小径材、薪材，经省级政府批准，可免征或减征农业特产税。次小薪材的具体标准，由省级农业税征收机关根据国家规定的技术标准确定。(财税［2001］171号)
11.退耕还林草免税。对西部地区退耕还林还草产生的农业特产收入，自取得收入年份起10年内免征农业特产税。(财税［2001］202号)
12.军队企业移交地方免税。从2001年度起，军队保障性企业中移交地方的农场、军马场，移交地方前免征农业特产税的，移交地方后，3至5年内继续免征农业特产税。具体免税期限，由各省级政府确定。(财税［2001］31号)
二、减税
1.毛茶减税。生产毛茶的单位和个人，减按7%征收农业特产税；收购毛茶的单位和个人，减按12%征收农业特产税。(财税字［1997］28号）
2.牛羊皮减税。单位和个人收购的牛皮和羊皮，减按5%征收农业特产税。(财税字［1998］177号）
3.原木减税。对采伐国有林区原木的企业，生产与收购环节减按10%的税率合并征收农业特产税。农林税费改革试点地区，按国家规定的试点地区原木农业特产税税率执行。其中，采伐东北、内蒙古国有林区原木的企业，不论其是否试行了农村税费改革，其生产的原木，均暂减按5%的税率征收农业特产税。(财税字［1998］38号、财税［2001］200号）
4.水产品减税。收购水产品的单位和个人，减按5%的税率征收农业特产税。
5.贵重食品减税。生产贵重食品的单位和个人，减按8%的税率征收农业特产税。
6.农村税费改革试点地区优惠税率。农村税费改革试点地区，农业特产税的应税品目和税率如下：(财税［2001］93号)
(1)烟叶，税率20%;
(2)毛茶、果品、原木、原竹、水产品、生漆、天然树脂、食用菌、花卉，税率8%;
(3)牲畜产品，猪皮暂停征税；牛皮和羊皮税率5%；羊毛、兔毛和羊绒、驼绒，税率10%;
(4)天然橡胶，税率5%;
(5)贵重食品，税率12%;
(6)省级政府确定征收农业特产税的应税品目，税率由省级政府在不超过8%的幅度内规定；
(7)农业特产税可征收最高不超过正税20%的附加，是否征收及具体比例由省级政府确定。
7.农村税费改革试点地区取消农业特产税后的农业税政策。2003年，农村税费改革试点地区是否取消农业特产税，各省级政府根据统一政策、分散决策的原则，自主决定。条件成熟的省，可结合本地实际，在自行消化财政减收的前提下，对部分农业特产品(除烟叶外)不再单独征收农业特产税，改为征收农业税。具体品目各地可自行选择，选定品目后，税目的转换、税率的确定、计税依据和征收方式按以下规定执行。(财税［2003］136号)
(1)税目的转换。将现行农业特产税应税品目中的水果、干果、药材、果用瓜、花卉、经济林苗木等园艺作物收入，水产品收入、林木产品收入、食用菌收入和省级政府确定的其他收入，改为征收农业税。将园艺作物收入中的蚕茧改按桑叶，毛茶改按茶青征收农业税。将贵重食品中的海参、鲍鱼、干贝、鱼唇、鱼翅并入水产品征收农业税。对牲畜产品(猪皮、牛皮、羊皮、羊毛、兔毛、羊绒、驼绒)，不在土地上生产的农业特产品(如蜂蜜、燕窝等，但不含水产品)，零星、分散地块上生产的农业特产品，既不征收农业特产税，也不征收农业税。征收牧业税的省区继续对羊、牛等牲畜产品收入征收牧业税。
(2)税率的确定。水果、干果、茶青、药材、果用瓜、花卉、经济林苗木等园艺作物收入，水产品、林木产品、食用菌收入和省级政府确定的其他收入的税率，按照省级政府在农村税费技改革中规定的农业税税率执行。个别省区的原木、药材、经济林苗木、天然橡胶等品目收入，原农业特产税的税率低于当地农业税税率的，仍按原税率征收农业税。是否随正税征收20%的附加，由省级政府确定。但正税附加的总体负担水平应低于原农业特产税(含附加)的负担水平。
(3)计税收入。改征农业税的农业特产品的计税收入由实际收入改为原则上参照粮食作物收入确定。具体规定如下：
对利用耕地和园地生产的，按当地同等土地粮食作物的常年产量确定计税收入。对利用其他土地生产的，参照当地耕地粮食作物的常年产量确定计税收入。对利用滩涂、海水养殖和捕捞的水产品，按其历史收益情况确定计税收入。计税收入确定以后，原则上保持一定时期的稳定。考虑到农业特产品生产受自然条件影响较大，计税收入应按照从低原则确定。
对林农采伐的原木、原竹，按照采伐量从低确定计税收入。
对财务制度健全，会计核算准确真实的捕捞水产品、采伐原木原竹的企业和单位，按其销售量确定计税收入。具体品目的计税收入，由省级政府确定。
(4)减免税。农业特产品改征农业税后，统一按照农业税减免政策执行。
(5)征收办法。农业特产品与粮食等农产品一样，一般采取农业税征收办法。对财务制度健全、会计核算准确真实的捕捞水产品、采伐原木原竹的企业和单位，实行查账征收。对养殖水产品、捕捞水产品的个人和捕捞水产品无账可查的企业、单位以及采伐原木原竹的林农，实行核定征收。过去一直由收购者代扣代缴，改为由生产者直接征收确有困难的，仍可沿用原有的代扣代缴办法。
三、税额抵扣
农业税抵扣。在农业税计税土地上生产农业特产品的，农业税照征。但在计征农业特产税时，准予扣除缴纳的农业税税额。((94)财税字第7号）
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